Owoce jako organizmy żywe ulegają również chorobom, którym należy zapobiegać. Dawniej uważano, że należy przebierać owoce w czasie przechowywania i usuwać chore, aby w ten sposób ochronić pozostałe przed zakażeniem. Dzisiaj nie zaleca się tego zabiegu, ponieważ wiadomo, że przebieranie nawet zwiększa porażenie owoców przez mokrą zgniliznę. Jedyny zabieg profilaktyczny polega na utrzymywaniu w komorach odpowiedniej wilgotności i temperatury oraz staranne przeprowadzenie zbioru. W miejscu, gdzie skórka jest nawet nieznacznie zadrapana paznokciem, przebita szypułką itp., może nastąpić zakażenie przez grzyby powodujące mokrą zgniliznę. Niektóre z chorób występujących w przechowalni lub chłodni porażają owoce juz w sadzie, np. parch, gorzka zgnilizna i brunatna zgnilizna owoców, toteż ich zwalczanie jest objęte programem opryskiwań wykony­wanych w sadzie. Nie wszystkie choroby w czasie przechowywania owoców powstają wskutek porażenia przez grzyby. Niektóre wywołane są nieodpowiednimi warunkami w czasie wzrostu w sadzie, terminem zbioru czy warunkami przechowywania. Oparzeliznę powierzchniową wywołują gazy wydzielane przez dojrze­wające owoce i gromadzące się wokół nich. Dlatego w pomieszczeniach silnie przewietrzanych choroba ta występuje rzadziej niż w słabo wietrzo­nych. Jej objawem są szarobrunatne plamy na powierzchni owocu (rys. 135). Miąższ pozostaje nieuszkodzony. Plamy zwiększają się szczególnie szybko po przeniesieniu jabłek do wyższej temperatury. Odmiany zielone silniej cierpią na nią niż odmiany czerwone, w obrębie zaś każdej z nich jabłka zebrane wcześniej lub pochodzące z drzew obficie nawożonych azotem i silnie ciętych. Dlatego jabłka odmian wrażliwych na oparzeliznę powierzchniową, jak Antonówka, Boiken, Kosztela, Beforest, należy zbierać możliwie późno. Trzeba jednak pamiętać, że późny zbiór sprzyja występowaniu innej choroby, a mianowicie rozpadowi miąższu. Miękka oparzelizna występuje na jabłkach przechowywanych w chłodni w temperaturze około 0 C. Objawem tej choroby są nieregularne pasy jasnobrązowe, o wyraźnie zaznaczonych brzegach. Cienka warstwa 304 miąższu pod plamą mięknie, potem wysycha, czernieje i zapada się,wskutek czego plama staje się trochę wgłębiona. Często tez tkanka porażona gnije. Choroba występuje w niedużym nasileniu i tylko na niektórych odmianach, jak Jonatan, Wealthy, Antonówka i Ananas Berzenicki.